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Acknowledgements
Scope of this Guide
What's New in Spartan'04
Table of Contents
Section I
  Chapter 1
Section II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
Section III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
Appendix:
A B C D E F G H I



Chapter 6 - 生物学的に興味深い分子
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本章では"生物学的に興味のある"分子への適用についての説明,ペプチドモデルキットの紹介,および詳細な解析を行うためにどのようにProtein Data Bank (PDB)からSpartan'04にデータを取り込むのかを示します.

現時点では,"実在の"生体高分子(タンパク質やRNA/DNA鎖)についての計算は分子力学計算に限られています.しかし生物学的に興味のある多くの種類の有機分子,中でもステロイド,プロスタグランジン,ビタミンについては,量子化学計算を用いた研究を行うことができます.本章の最初の三つのチュートリアルではこのような有機分子の応用例を示し,残りのチュートリアルでは低分子と生体高分子の間の橋渡しとなる部分を提供します.

ポリペプチドとポリヌクレオチドについては最後の二つのチュートリアルで検討します.主に小さなポリペプチド鎖の"理想的な"構造を組み立てる事を目的としているペプチドモデルキットは,ポリグリシンのらせん構造を組み立てるのに用いられ,水中と水の外における両性イオン構造と非両性イオン構造を比較します.protein databank (PDB)から得た低分子-DNA錯体およびたんぱく質-RNA錯体の構造を最後の二つのチュートリアルで使用します.一つ目はグラフィックスモデルを用いた研究の基礎として用いられ,二つ目は水素結合を表示するために用います.