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Acknowledgements
Scope of this Guide
What's New in Spartan'04
Table of Contents
Section I
  Chapter 1
Section II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
Section III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
Appendix:
A B C D E F G H I



Chapter 6 - 生物学的に興味深い分子
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5.
GeometryメニューからFreeze Centerを選択します(あるいはをクリックします).画面の右下のFreeze Heavyをクリックします.これは分子力学計算によるエネルギー最小化の際に全ての重原子(水素以外)を動かさないことを示しています.*をクリックして,構造を整えます(重原子の位置を固定した固定条件のもとで行います).
   
6.
FileメニューからNew Moleculeを選択します.画面の任意の場所をクリックします.モデルキットの中のTerminateをクリックし,今回は"C","N"末端基にCO2NH3+をそれぞれ選択します.OKをクリックします.をクリックし,画面の下のFreeze Heavyをクリックします.最後にをクリックします.
   
7.
をクリックしてモデルキットを閉じます.トリグリシンの二つの構造が同じリストに含まれています.Calculationsダイアログを開き,Hartree-Fock3-21Gモデルを用いた一点エネルギー計算を指定します.両性イオン型のトリグリシンのTotal Chargeは(Neutralから)変えないでください.そのルイス構造は"+"と"-"の形式電荷を持っていますが分子は中性です.Global Calculationsに必ずチェックを入れておいてください.ダイアログの下のSubmitをクリックします.ジョブ名を"triglycine_3-21G"とします.
   
8.
計算が終了したら,スプレッドシートを開いて,空列のヘッダーセルをクリックし,スプレッドシートの下のAdd…をクリックします.開いたダイアログ上にある物性のリストからEを選択し,Energyメニューからはkcal/molを選択してOKをクリックします.

トリグリシンの両性イオン構造と中性構造のどちらが気相で有利ですか?
   
*
これは理想的ならせん構造を維持するのに必要です.