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Acknowledgements
Scope of this Guide
What's New in Spartan'04
Table of Contents
Section I
  Chapter 1
Section II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
Section III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
Appendix:
A B C D E F G H I



Chapter 6 - 生物学的に興味深い分子
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9-10はオプション計算です.(エッセンシャルエディションでは実行できません.)
   
9.

"triglycine_3-21G"のコピーを作ります().ファイル名を"triglycine in water_3-21G"とします.コピーのCalculationsダイアログを開き,もう一度Hartree-Fock3-21Gモデルを用いた一点エネルギー計算を指定します.Solvent("Compute"の右にある)のWaterを選択します.ジョブを実行します.(二つの計算が)終了したら,スプレッドシートを開き,二つの構造のエネルギーを開きます.

トリグリシンの両性イオン構造と中性構造のどちらが水中で有利ですか?気相の結果との相対的なエネルギー変化を説明しなさい.

   
10.
画面から"triglycine in water_3-21G"と残っているダイアログを閉じます.
   
11-15はオプションです.
 
さらに大きなポリペプチド,デカグリシンの両性イオン構造の静電ポテンシャルマップを用いると,どうして両性イオン構造が気相では不利なのかを電荷の分離によって明確に説明することができます.
   
11.
peptideモデルキットを開きます.*アミノ酸コード選択ボタンの"gly"(グリシン)を7回クリックします.これで10残基のグリシン連鎖が選択されました.画面の任意の場所をクリックします.モデルキットの中のTerminateをクリックし,"C","N"末端基それぞれにCO2NH3+を選択し,OKをクリックします.をクリックし,画面右下のFreeze Heavyをクリックします.をクリックし,をクリックしてモデルキットを閉じます.
   
*
これ以降の指示はこのセクションで既にトリグリシンを構築したことを,すなわちpeptideモデルキットの上のボックスが3残基のグリシン連鎖を含んでいることを仮定しています.もし最初から始めるならば,Sequenceがチェックされているか必ず確認し,それから"gly"を10回クリックし,a Helix をクリックして,最後に画面の任意の場所をクリックします.