Main Page
Acknowledgements
Scope of this Guide
What's New in Spartan'04
Table of Contents
Section I
  Chapter 1
Section II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
Section III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
Appendix:
A B C D E F G H I



Chapter 6 - 生物学的に興味深い分子
Page 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16

12.

Calculationsダイアログを開いて,AM1の一点エネルギー計算を指定します.Converge(ダイアログの右下付近にあります)にチェックを入れます.このような複雑な分子の半経験的計算ではしばしば収束が困難になることがあり,このオプションを用いると多くの特殊な収束技術を駆使します.

   
13.
Surfacesダイアログを開き,静電ポテンシャルマップの計算を設定します.Add…をクリックし,Surfaceメニューからdensityを,Propertyからpotentialを選択してOKをクリックします.
   
14.
ジョブを実行します.ジョブ名を"decaglycine zwitterion_AM1"とします.グラフィックスを計算するため,計算の実行には数分かかります.計算が終了したら再びSurfacesダイアログを開きます."density potential…"と表示されている行をクリックします.静電ポテンシャルマップを調べます.赤に近い色は負に荷電している(正の点電荷を引き付ける)領域に対応し,青に近い色は正に荷電している領域を表すことを思い出してください.中間色(緑)は中性領域を表します.デカグリシンが両性イオン構造として存在する環境についてどう結論づけますか?
   
15. デカグリシンと残りのダイアログを画面上から消します.