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Acknowledgements
Scope of this Guide
What's New in Spartan'04
Table of Contents
Section I
  Chapter 1
Section II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
Section III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
Appendix:
A B C D E F G H I



Chapter 6 - 生物学的に興味深い分子
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プロパミジンDNA 錯体

小さな分子がDNAの溝に入ることができることが知られています.このような結合は(例えば塩基対の空間配置や配向などの)基本的DNA鎖構造に変化を及ぼす可能性があり,DNAの正常な複製を阻害するように働くかもしれません.

このチュートリアルでは,"小さい分子"が"大きい分子"の存在下でどのように取り扱われ検討されるかを説明します.まずよく知られている錯体の構造,具体的にはプロパミジンがDNAの12量体の"小さな溝"に結合した構造について調べます.この錯体の構造はProtein Data Bank (PDB)*から得ますが,オリジナルのPDBファイルはSpartan'04に取り込まれて解析され二つの成分(DNAの短い鎖とプロパミジン)からなるリストにされています.さらに,水分子は除外されます.最後に,プロパミジンの静電ポテンシャルマップを得ます.解析されたファイル(読み取り専用)は"propamidine DNA complex"のファイル名で書き出されます.**

   
1.
"propamidine DNA complex"を見つけて開き,同じファイル名でワーキングディレクトリーにコピーします.それからスプレッドシートを開いて,それぞれの分子名,"DNA strand"と"propamidine"だけが見えるようにサイズを小さくします.二つの分子名の右のボックスにチェックを入れて二つの分子が同時に画面上に表示されるようにします.
   
2.
最初,それぞれの分子はBall and Spokeで表示されていて,DNA鎖中のプロパミジン分子を見つけるのは困難です.プロパミジンを選択し(スプレッドシートの分子名をクリックし),ModelメニューからSpace Fillingを選択します.これで二つの成分がはっきりと区別できて,それらがどのように接近して組み合わさっているかがわかります.
それぞれのモデルに対していろいろなモデル表示を試してください.どのくらいぴったりと取り込まれているのかを確認するには,両方の分子をSpace Fillingモデルで表示します.もう一つの興味深い表示法はプロパミジンをSpace Fillingモデルで表示し,DNA鎖を"リボン"を用いて表すことです.Hideを選択してModelメニューからRibbonsを選択します.
   
*
PDB については右を参照して下さい. 102D. C.M. Nunn and S. Neidle, to be published.
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