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Scope of this Guide
What's New in Spartan'04
Table of Contents
Section I
  Chapter 1
Section II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
Section III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
Appendix:
A B C D E F G H I



Chapter 6 - 生物学的に興味深い分子
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生体高分子における水素結合
 

水素結合は生体高分子の三次元構造を決定する要素であることが知られています.DNAを構成する相補鎖の塩基対は水素結合によって"互いに固定"されています.たんぱく質のらせん構造もbシートと呼ばれる近接鎖の水素結合によって維持されています.

このチュートリアルでは珍しいたんぱく質‐RNA錯体*を視覚化するために,様々な分子モデルがどのように利用できるかを示します. 特に水素結合の表示を説明します.計算は必要としません.

   
1.
"protein RNA complex"**を見つけて開き,コピーします.その構造はリボン表示(のみ)でありNMRで明らかにされていて,いくつかの"新しい"コンホマーが与えられています.それらの構造で似ている場所や異なる場所を()確認します.
   
2.
ModelメニューからConfigure…を選択し,Ribbonsタブをクリックします.Configure Ribbonsダイアログの"coloring"の下にあるBy Residueを選択し,OKをクリックします.モデルはアミノ酸/ヌクレオチド塩基に応じて配色されています.様々な"カラーバンド"をクリックしどのようになっているか確認します.
   
3.
Hydrogen BondsModelメニュー)を選択します.錯体の"たんぱく質部分"の至る所にある単一の"ドットライン"と"RNA"部分のドットラインの"セット"は水素結合を表しています.RNA部分のヌクレオチド塩基とセット中の多くのラインとの間の結合を見ることで,塩基について予想できない結果を確認できます.
   
4.
TubeModelメニュー)を選択します.またこのメニューからHydrogensのチェックをはずします.錯体の構造と水素結合の位置がより詳細にわかります.
   
5. "protein RNA complex"を閉じます.
   
*
PDB番号 1A1T.R.N.de Guzman,Z.R.Wu,C.C.Stalling,L.Pappalardo,P.N.Borer and M.F.Summers,Science,279,384 (1998)
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