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Acknowledgements
Scope of this Guide
What's New in Spartan'04
Table of Contents
Section I
  Chapter 1
Section II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
Section III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
Appendix:
A B C D E F G H I



Chapter 6 - 生物学的に興味深い分子
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最後に四つのメチル基と水酸基を環の適切な位置に加えます.をクリックして最終構造を得ます.
   
3.
Calculationsダイアログ(Setupメニュー)を開いてAM1半経験的分子軌道法を用いた平衡構造計算を指定します.OKをクリックします.次にSurfacesダイアログ(Setupメニュー)を開きます.Add…をクリックし,Surfaceメニューからdensityを,Propertyメニューからpotentialを選択します.ジョブを実行します.ジョブ名を"vitamin_E_AM1"とします.
   
4.
計算が終了したら静電ポテンシャルマップを調べます.Surfacesダイアログの中の"density potential…"と表示されている行をクリックします.ポテンシャルマップは分子の大部分(アルキル鎖)は非極性である事を示唆していることに注意してください.非極性であることでビタミンEは脂質へ取り込まれやすくなります.
   
5.
"vitamine_E_AM1"のコピーを作ります(をクリック).ファイル名を"vitamine_E_radical_AM1"とします.BuildメニューからDeleteを選択し(あるいはをクリックし),水酸基の水素をクリックします.エネルギー最適化はしないでください.既にビタミンEラジカルの良好な初期構造が得られているからです.
   
6.
Calculationsダイアログを開いて,MultiplicitySingletからDoubletに変更します.OKをクリックします.Surfacesダイアログを開きます.まず静電ポテンシャルマップを消します("density potential…"と表示されている行をクリックし,ダイアログの一番下にあるDeleteをクリックします).次に,スピン密度表面を指定します.Add…をクリックし,Surfaceメニューからspinを,Propertyメニューからnoneを選択してOKをクリックします.ジョブを実行します.
   
7.
計算が終了したらSurfacesダイアログを開いて"spin…"と表示されている行をクリックします.不対電子は酸素上には局在化せず,むしろベンゼン環のπ系上に非局在化していることに注意してください.これが,ビタミンEが安定なラジカルを作って効果的な"ラジカル捕捉剤"として働く理由です.
   
8. 全ての分子と残ったダイアログを消します.