Main Page
Acknowledgements
Scope of this Guide
What's New in Spartan'04
Table of Contents
Section I
  Chapter 1
Section II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
Section III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
Appendix:
A B C D E F G H I



Chapter 6 - 生物学的に興味深い分子
Page 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 | 16

 
をクリックします.水酸基が加えられた"D環"の炭素上のフリーバレンスと水酸基の酸素上のフリーバレンスをクリックします.(歪んだ)カルボニル基が形成されます.をクリックし,次いでをクリックします.
   
10.
アンドロステロンにはいくつかの不斉中心があります.それらがRであるかSであるかを調べるためにはConfigure…(Modelメニュー)を選択し,現れたダイアログの"Atom"の下のR/Sにチェックを入れます.OKをクリックします.R/Sラベルが各不斉中心に表示されます(ラベルを消すにはModelメニューからLabelsを選択します).
   
11.
SetupメニューからCalculations…を選択します.ダイアログの中の,AM1半経験的レベルで平衡構造の計算を指定します.ダイアログを閉じて,ジョブを実行します.ジョブ名を"androsterone_AM1"とします.計算が終了したら,outputを調べます.構造変数は多数あり,最適化に必要なサイクルが少ないことに注意して下さい.
   
12-14はオプション計算です.
 
空間充填モデルの体積と電子密度等値面から得た体積を比較します.
   
12.
Propertiesを選択します(Displayメニュー).Molecule Propertiesダイアログが開きます.空間充填(CPK)モデルの表面積と体積を記録します.
   
13.
Surfacesを選択します(SetupまたはDisplayメニュー).Add…をクリックします.SurfaceメニューからDensityを,Propertyメニューからnoneを選択しOKをクリックします.
   
14.
ジョブを実行します.計算が終了したらSurfaceダイアログを開き"density…"と表示された行をクリックします.Propertiesダイアログを開き密度等値面の任意の場所をクリックします.電子密度等値面の表面積と体積が表示されます.これらの値はどの程度CPKモデルから得られる数値に匹敵しますか?
   
15.
アンドロステロンとダイアログをすべて画面から消します.