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Acknowledgements
Scope of this Guide
What's New in Spartan'04
Table of Contents
Section I
  Chapter 1
Section II
  Chapter 2
  Chapter 3
  Chapter 4
  Chapter 5
  Chapter 6
  Chapter 7
Section III
  Chapter 8
  Chapter 9
  Chapter 10
  Chapter 11
  Chapter 12
  Chapter 13
  Chapter 14
  Chapter 15
  Chapter 16
  Chapter 17
Appendix:
A B C D E F G H I



Chapter 6 - 生物学的に興味深い分子
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3.
このグループでCalculationsダイアログを開きます.*3-21G Hartree-Fock モデルを用いた一点エネルギー計算を指定します.また"Start from"の右のメニューからAM1を選択します.これは半経験的手法による構造を用いることを意味しています.** Global Calculationsにチェックが入っていることを確認し,ダイアログの右下のSubmitをクリックします.ジョブ名を"1-methylcytosine tautomers_3-21G"とします.
   
4.
三つの計算が終了したら,スプレッドシートを開いて1-メチルシトシンの"基準の"構造(最初に作った構造)に対応した行をクリックします.次に一番左の空の列のヘッダーセルをクリックし,それからAdd…をクリックし,リストの物性値からrel. Eを選択し,Energyメニューからkcal/molを選択して最後にOKをクリックします.互変異性体のエネルギーが("基準の"構造に対する相対的な)スプレッドシートに表示されます.1-メチルシトシンの基準の構造にエネルギーが近いのはどちらの互変異性体ですか?
   
5, 6はオプション計算です.(エッセンシャルエディションでは実行できません.)
 
互変異性体の相対エネルギーをさらに精度良く見積るために,局在化MP2 (LMP2)モデルを使った一点エネルギー計算を行います.
   
5.
をクリックして"1-methylcytosine_tautomers_3-21G"をコピーします.ファイル名を"1-methylcytosine_tautomers_LMP2_6-31Gs"とします.このファイルでCalculationsダイアログを開き,"Calculate"の右のメニューからSingle Point Energyを,その下の三つのメニューからMoller Plesset, MP2, 6-31G*を選択します."Calculate"のさらに右にあるLocalizedにチェックを入れます.また"Start from"の右のメニューをInitialにリセットします.最後にGlobal Calculationsがチェックされていることを必ず確認します.ジョブを実行します.
   
6.
計算が終了したら,スプレッドシート(互変異性体の相対エネルギーが含まれたもの)を開きます.LMP2モデルを用いると他の互変異性体の確からしさについてのはじめの結論が変わりますか?
   
7.
画面に残っている分子モデルとダイアログをすべて閉じます.
   
*
作成した1-シトシンは画面上に残ったままです.閉じてください.
**
このような設定は計算時間の短縮を目的としています.
もしも3-21Gによる構をかわりに使用したければ,Single Point EnergyのかわりにEquilibrium Geometryを選択し "Start from"の次のメニューではAM1のかわりにInitialを選択して下さい.