このセクションはSpartan'04の各メニューで利用できる機能を説明し，プログラムのリファレンスとして活用してもらうことを目的としています．利用可能な分子力学や量子力学計算方法について順に説明していますが，それらの能力や計算に関する要件については記述していません．同様に，利用可能なグラフィック表示についても順に説明していますが，それらの使い方については記述していません．これらについてはこのソフトに同梱されている"A Guide to Molecular Mechanics and Quantum Chemical Calculations"の中で詳細に説明されているのでそちらを参照してください．