Spartan '14 Help
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一般的な操作方法

分子の選択と表示

    Spartan'14の画面には複数の分子モデルを同時に表示できますが、選択できる分子はそのうちの1つだけです。この選択された分子は、分子の構築、ジョブの設定や投入、文字ベース、グラフィックベースのインターフェイス、回転などの操作などすべての処理を行うことができます。一方選択されていない分子は静止画として画面内に表示されているだけで、拡大縮小の操作やCtrl キー(グローバルの切替)を押しながらの操作以外では、動きません。

    分子の選択は、その分子モデルや付属するグラフィックスなどをクリックすることで行います。その前に選択されていた分子は選択解除されて切り替わります。選択された分子のプロパティを見るのは、Display メニュー からProperties ダイヤログ を使います。

    分子モデルのうち、原子、結合、Surfaceオブジェクト、constraints(拘束条件)オブジェクトに関するプロパティの表示は、Properties ダイヤログを表示しておき、それらのオブジェクトをクリックすることでダイヤログが切替り、それぞれのプロパティの表示になります。選択されたそれぞれの原子、結合、または constraintsオブジェクトはハイライト表示(黄色いマーク)されます。そのハイライト表示された原子、結合、またはconstraintsオブジェクトを クリックするとその選択を解除できます。 (Molecular Propertiesダイヤログに戻ります)

    別の分子をクリックして 選択を切替えるとMolecular Propertiesダイアログの表示内容もその分子のものに切替わります。Plot(グラフ)表示に関する情報やPlotのスタイル、表示範囲の変更もProperties ダイアログから行います。たとえばSpreadsheetのデータに関する線形回帰などもここで表示できます。

    表示している分子ファイルが(SpreadSheetに)複数のエントリーのあるリスト化されたものであるとき、分子の選択の切替えは、ボタンや ボタンをつかったり、画面左下にあるスクロールバーを使用できます。そのファイルのSpreadSheetを開いている場合には、左端LABEL列の分子の名前をクリックしても選択を切替えることができます。

    リスト化された分子ファイルが、Energy Profileで作られた反応座標系に関するものの場合、アニメーションボタンクリックすると リストの各々のエントリーによるパラパラマンガを見ることができます。ストップボタンを押すと表示が切替わります)をクリックすれば動画表示を停止できます。 リスト化された分子ファイルにおいて複数のエントリーを同時に表示できます。

    (選択できるのは1つだけです)SpreadSheetの左端LABEL列の名前の先頭にあるチェックボックスにクリックしてマークすれば 画面に複数の分子が表示されます。

    複数の分子ファイルを同時に開いているとき画面の下にタブが表示されます。タブには分子ファイルの名前が表示されていますが、そのの先頭にあるチェックボックスにクリックしてマークすれば 画面に複数の分子ファイルが表示されます。


色の変更と標準設定の変更

    Optionsメニューの下にあるColors および Preferences...ダイアログを使うと、画面背景色や各種オブジェクトの色、プログラムの設定についてのデフォルトを変更できます。さらに詳細な分子の特定の部分の色やモデルスタイルの制御は、Display メニュー下のPropertiesダイアログで行うことができます。

    ジョブの監視と強制終了 Optionsメニュー下にある Local Monitor ダイアログは3画面で構成され、(上)実行中のジョブ名のリスト(下)ジョブを選択するとOutput、Verbose Outputのイメージ、(右)実行中の分子構造がそれぞれ表示されます。ダイアログ中のActitionメニューからジョブの強制終了ができます。



    マウスの使い方
    2ボタンマウスの機能割り当て

    キーボード 左ボタンa 右ボタンa
    - 選択,
    X/Y 回転
    X/Y 平行移動
    Shift 領域選択,
    Z(面内)回転
    拡大・縮小b
    Control 複数選択,
    全体 X/Y 回転b
    全体 X/Y 平行移動
    Control + Shift 全体 Z
    (面内)回転c
    scalingb
    Alt グループ選択,
    結合角回転
    結合伸縮
    Control
    ("Build" モード)
    フラグメント
    X/Y 回転
    フラグメント
    X/Y 平行移動
    Control + Shift
    ("Build" モード)
    フラグメント
    Z (面内)回転
    拡大・縮小b
    a) 左右のボタンを同時に押してドラッグすると領域選択の長方形が現れます。
    b) 拡大・縮小の操作はすべての分子、すべてのフラグメントに同時に効果があります。
    拡大・縮小はスクロールホイールを使っても操作できます。
    c) 全体回転を行う場合には回転の中心を画面中心か各々の分子の中心かに設定可能です。
    設定はOptionsメニュー配下の Preferencesダイアログ中にあるGlobal Rotateで行います。


    マウス/キーボードによる作業は選択(ピッキング)と操作(平行移動と回転)の2つに分類されます。

    選択
    マウスの左ボタンは、メニューやスクリーン上の分子や各種オブジェクトの選択に使用します。 左右のボタンを同時に押してドラッグさせると領域選択のための長方形が現れます。 これを使ってclipboardに選択したオブジェクトをCUT/COPYしたり分子モデルの一部分のスタイルや 色を変更するのに利用できます。 Shift キーを押しながら 左ボタンを押すと領域での選択ができます。Ctrl(Control) キーを押しながら左ボタンを押すと、複数のオブジェクトを個別に選択できます。領域選択や複数個別選択 はSpreadSheetなどのテキスト情報の時だけでなく、スクリーン上の分子の原子や結合などにも適用可能です。 Alt キーを押しながら左ボタンを使うと、グループ全体(切り離されたフラグメント全体を選択できます。

    操作
    左ボタンは回転、右ボタンは平行移動や拡大縮小に関連する機能が割り振られています。 キーボードの入力がないときは、左ボタンでドラッグすると画面のなかでオブジェクトが自由に回転 (X-Y軸) 右ボタンでドラッグすると画面のなかで平行移動(X-Y軸)します。Shiftを押しながら左ボタンで ドラッグすると面内(Z軸:画面法線軸)回転、右ボタンでドラッグすると拡大・縮小になります。

    Ctrlキーをまたは Shift キーを(追加して)押しながら左または右ボタンを押すと、 回転や平行移動の効果が全体におよびます。 "buildモード"以外では、 "選択された" 分子、もしくはフラグメントだけの操作が標準です。 Ctrl キーを押すと、表示しているすべての分子やフラグメントの 操作になります。 Ctrlキーを使うと単一の("選択された")分子またはフラグメント だけを操作できるようになります。

    Alt キーを押しながら左ボタンを前後に動かすと、"選択した結合"が回転します。 また右ボタンを前後に動かすと"選択した結合が"伸縮します。
     
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    japan@wavefun.com
    Last modified: Thu Jun 20 10:47:57 PDT 2013